Changeset 0d1ad0 for tests/regression


Ignore:
Timestamp:
Jun 25, 2010, 9:42:28 AM (15 years ago)
Author:
Tillmann Crueger <crueger@…>
Branches:
Action_Thermostats, Add_AtomRandomPerturbation, Add_FitFragmentPartialChargesAction, Add_RotateAroundBondAction, Add_SelectAtomByNameAction, Added_ParseSaveFragmentResults, AddingActions_SaveParseParticleParameters, Adding_Graph_to_ChangeBondActions, Adding_MD_integration_tests, Adding_ParticleName_to_Atom, Adding_StructOpt_integration_tests, AtomFragments, Automaking_mpqc_open, AutomationFragmentation_failures, Candidate_v1.5.4, Candidate_v1.6.0, Candidate_v1.6.1, ChangeBugEmailaddress, ChangingTestPorts, ChemicalSpaceEvaluator, CombiningParticlePotentialParsing, Combining_Subpackages, Debian_Package_split, Debian_package_split_molecuildergui_only, Disabling_MemDebug, Docu_Python_wait, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph_documentation, Enable_parallel_make_install, Enhance_userguide, Enhanced_StructuralOptimization, Enhanced_StructuralOptimization_continued, Example_ManyWaysToTranslateAtom, Exclude_Hydrogens_annealWithBondGraph, FitPartialCharges_GlobalError, Fix_BoundInBox_CenterInBox_MoleculeActions, Fix_ChargeSampling_PBC, Fix_ChronosMutex, Fix_FitPartialCharges, Fix_FitPotential_needs_atomicnumbers, Fix_ForceAnnealing, Fix_IndependentFragmentGrids, Fix_ParseParticles, Fix_ParseParticles_split_forward_backward_Actions, Fix_PopActions, Fix_QtFragmentList_sorted_selection, Fix_Restrictedkeyset_FragmentMolecule, Fix_StatusMsg, Fix_StepWorldTime_single_argument, Fix_Verbose_Codepatterns, Fix_fitting_potentials, Fixes, ForceAnnealing_goodresults, ForceAnnealing_oldresults, ForceAnnealing_tocheck, ForceAnnealing_with_BondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued_betteresults, ForceAnnealing_with_BondGraph_contraction-expansion, FragmentAction_writes_AtomFragments, FragmentMolecule_checks_bonddegrees, GeometryObjects, Gui_Fixes, Gui_displays_atomic_force_velocity, ImplicitCharges, IndependentFragmentGrids, IndependentFragmentGrids_IndividualZeroInstances, IndependentFragmentGrids_IntegrationTest, IndependentFragmentGrids_Sole_NN_Calculation, JobMarket_RobustOnKillsSegFaults, JobMarket_StableWorkerPool, JobMarket_unresolvable_hostname_fix, MoreRobust_FragmentAutomation, ODR_violation_mpqc_open, PartialCharges_OrthogonalSummation, PdbParser_setsAtomName, PythonUI_with_named_parameters, QtGui_reactivate_TimeChanged_changes, Recreated_GuiChecks, Rewrite_FitPartialCharges, RotateToPrincipalAxisSystem_UndoRedo, SaturateAtoms_findBestMatching, SaturateAtoms_singleDegree, StoppableMakroAction, Subpackage_CodePatterns, Subpackage_JobMarket, Subpackage_LinearAlgebra, Subpackage_levmar, Subpackage_mpqc_open, Subpackage_vmg, Switchable_LogView, ThirdParty_MPQC_rebuilt_buildsystem, TrajectoryDependenant_MaxOrder, TremoloParser_IncreasedPrecision, TremoloParser_MultipleTimesteps, TremoloParser_setsAtomName, Ubuntu_1604_changes, stable
Children:
04488a, 0c5eeb, 93987b
Parents:
6d574a (diff), a356f2 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'stable' into StructureRefactoring

Conflicts:

molecuilder/src/World.cpp

Location:
tests/regression
Files:
14 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • tests/regression/Domain/6/post/test-x.conf.xyz

    r6d574a r0d1ad0  
    1122
    22        Created by molecuilder on Mon May 31 19:07:16 2010
    3 H       9.78209 2.64589 2.64589 
    4 C       27.2836 3.27519 3.53589 
    5 C       28.5328 4.15859 3.53589 
    6 C       29.7821 3.27519 3.53589 
    7 H       27.2836 2.64589 4.42589 
    8 H       9.78209 2.64589 4.42589 
    9 H       10.672  3.90454 3.53589 
    10 H       8.53279 4.78789 2.64589 
    11 H       27.2836 2.64589 2.64589 
    12 H       26.3936 3.90454 3.53589 
    13 H       28.5328 4.78789 4.42589 
    14 H       28.5328 4.78789 2.64589 
    15 H       30.672  3.90454 3.53589 
    16 H       29.7821 2.64589 4.42589 
    17 H       29.7821 2.64589 2.64589 
    18 H       8.53279 4.78789 4.42589 
    19 H       6.39363 3.90454 3.53589 
    20 H       7.28359 2.64589 2.64589 
    21 H       7.28359 2.64589 4.42589 
    22 C       9.78209 3.27519 3.53589 
    23 C       8.53279 4.15859 3.53589 
    24 C       7.28359 3.27519 3.53589 
     3H       9.78209 2.64589 2.64589
     4C       27.2836 3.27519 3.53589
     5C       28.5328 4.15859 3.53589
     6C       29.7821 3.27519 3.53589
     7H       27.2836 2.64589 4.42589
     8H       9.78209 2.64589 4.42589
     9H       10.672  3.90454 3.53589
     10H       8.53279 4.78789 2.64589
     11H       27.2836 2.64589 2.64589
     12H       26.3936 3.90454 3.53589
     13H       28.5328 4.78789 4.42589
     14H       28.5328 4.78789 2.64589
     15H       30.672  3.90454 3.53589
     16H       29.7821 2.64589 4.42589
     17H       29.7821 2.64589 2.64589
     18H       8.53279 4.78789 4.42589
     19H       6.39363 3.90454 3.53589
     20H       7.28359 2.64589 2.64589
     21H       7.28359 2.64589 4.42589
     22C       9.78209 3.27519 3.53589
     23C       8.53279 4.15859 3.53589
     24C       7.28359 3.27519 3.53589

  • tests/regression/Domain/6/post/test-y.conf.xyz

    r6d574a r0d1ad0  
    1122
    22        Created by molecuilder on Mon May 31 19:07:16 2010
    3 H       9.78209 2.64589 2.64589 
    4 C       7.28359 23.2752 3.53589 
    5 C       8.53279 24.1586 3.53589 
    6 C       9.78209 23.2752 3.53589 
    7 H       7.28359 22.6459 4.42589 
    8 H       9.78209 2.64589 4.42589 
    9 H       10.672  3.90454 3.53589 
    10 H       8.53279 4.78789 2.64589 
    11 H       7.28359 22.6459 2.64589 
    12 H       6.39363 23.9045 3.53589 
    13 H       8.53279 24.7879 4.42589 
    14 H       8.53279 24.7879 2.64589 
    15 H       10.672  23.9045 3.53589 
    16 H       9.78209 22.6459 4.42589 
    17 H       9.78209 22.6459 2.64589 
    18 H       8.53279 4.78789 4.42589 
    19 H       6.39363 3.90454 3.53589 
    20 H       7.28359 2.64589 2.64589 
    21 H       7.28359 2.64589 4.42589 
    22 C       9.78209 3.27519 3.53589 
    23 C       8.53279 4.15859 3.53589 
    24 C       7.28359 3.27519 3.53589 
     3H       9.78209 2.64589 2.64589
     4C       7.28359 23.2752 3.53589
     5C       8.53279 24.1586 3.53589
     6C       9.78209 23.2752 3.53589
     7H       7.28359 22.6459 4.42589
     8H       9.78209 2.64589 4.42589
     9H       10.672  3.90454 3.53589
     10H       8.53279 4.78789 2.64589
     11H       7.28359 22.6459 2.64589
     12H       6.39363 23.9045 3.53589
     13H       8.53279 24.7879 4.42589
     14H       8.53279 24.7879 2.64589
     15H       10.672  23.9045 3.53589
     16H       9.78209 22.6459 4.42589
     17H       9.78209 22.6459 2.64589
     18H       8.53279 4.78789 4.42589
     19H       6.39363 3.90454 3.53589
     20H       7.28359 2.64589 2.64589
     21H       7.28359 2.64589 4.42589
     22C       9.78209 3.27519 3.53589
     23C       8.53279 4.15859 3.53589
     24C       7.28359 3.27519 3.53589

  • tests/regression/Domain/6/post/test-z.conf.xyz

    r6d574a r0d1ad0  
    1122
    22        Created by molecuilder on Mon May 31 19:07:16 2010
    3 H       9.78209 2.64589 2.64589 
    4 C       7.28359 3.27519 23.5359 
    5 C       8.53279 4.15859 23.5359 
    6 C       9.78209 3.27519 23.5359 
    7 H       7.28359 2.64589 24.4259 
    8 H       9.78209 2.64589 4.42589 
    9 H       10.672  3.90454 3.53589 
    10 H       8.53279 4.78789 2.64589 
    11 H       7.28359 2.64589 22.6459 
    12 H       6.39363 3.90454 23.5359 
    13 H       8.53279 4.78789 24.4259 
    14 H       8.53279 4.78789 22.6459 
    15 H       10.672  3.90454 23.5359 
    16 H       9.78209 2.64589 24.4259 
    17 H       9.78209 2.64589 22.6459 
    18 H       8.53279 4.78789 4.42589 
    19 H       6.39363 3.90454 3.53589 
    20 H       7.28359 2.64589 2.64589 
    21 H       7.28359 2.64589 4.42589 
    22 C       9.78209 3.27519 3.53589 
    23 C       8.53279 4.15859 3.53589 
    24 C       7.28359 3.27519 3.53589 
     3H       9.78209 2.64589 2.64589
     4C       7.28359 3.27519 23.5359
     5C       8.53279 4.15859 23.5359
     6C       9.78209 3.27519 23.5359
     7H       7.28359 2.64589 24.4259
     8H       9.78209 2.64589 4.42589
     9H       10.672  3.90454 3.53589
     10H       8.53279 4.78789 2.64589
     11H       7.28359 2.64589 22.6459
     12H       6.39363 3.90454 23.5359
     13H       8.53279 4.78789 24.4259
     14H       8.53279 4.78789 22.6459
     15H       10.672  3.90454 23.5359
     16H       9.78209 2.64589 24.4259
     17H       9.78209 2.64589 22.6459
     18H       8.53279 4.78789 4.42589
     19H       6.39363 3.90454 3.53589
     20H       7.28359 2.64589 2.64589
     21H       7.28359 2.64589 4.42589
     22C       9.78209 3.27519 3.53589
     23C       8.53279 4.15859 3.53589
     24C       7.28359 3.27519 3.53589

  • tests/regression/Domain/6/post/test.conf.xyz

    r6d574a r0d1ad0  
    1111
    22        Created by molecuilder on Mon May 31 19:21:12 2010
    3 H       9.78209 2.64589 2.64589 
    4 H       9.78209 2.64589 4.42589 
    5 H       10.672  3.90454 3.53589 
    6 H       8.53279 4.78789 2.64589 
    7 H       8.53279 4.78789 4.42589 
    8 H       6.39363 3.90454 3.53589 
    9 H       7.28359 2.64589 2.64589 
    10 H       7.28359 2.64589 4.42589 
    11 C       9.78209 3.27519 3.53589 
    12 C       8.53279 4.15859 3.53589 
    13 C       7.28359 3.27519 3.53589 
     3H       9.78209 2.64589 2.64589
     4H       9.78209 2.64589 4.42589
     5H       10.672  3.90454 3.53589
     6H       8.53279 4.78789 2.64589
     7H       8.53279 4.78789 4.42589
     8H       6.39363 3.90454 3.53589
     9H       7.28359 2.64589 2.64589
     10H       7.28359 2.64589 4.42589
     11C       9.78209 3.27519 3.53589
     12C       8.53279 4.15859 3.53589
     13C       7.28359 3.27519 3.53589

  • tests/regression/Filling/1/post/test.conf

    r6d574a r0d1ad0  
    3535RelEpsTotalE    1e-07   # relative change in total energy
    3636RelEpsKineticE  1e-05   # relative change in kinetic energy
    37 MaxMinStopStep  1350    # check every ..th steps
     37MaxMinStopStep  680     # check every ..th steps
    3838MaxMinGapStopStep       1       # check every ..th steps
    3939
    … …  
    4242InitRelEpsTotalE        1e-05   # relative change in total energy
    4343InitRelEpsKineticE      0.0001  # relative change in kinetic energy
    44 InitMaxMinStopStep      1350    # check every ..th steps
     44InitMaxMinStopStep      680     # check every ..th steps
    4545InitMaxMinGapStopStep   1       # check every ..th steps
    4646
    … …  
    5555RiemannTensor   0       # (Use metric)
    5656PsiType         0       # 0 - doubly occupied, 1 - SpinUp,SpinDown
    57 MaxPsiDouble    1350    # here: specifying both maximum number of SpinUp- and -Down-states
    58 PsiMaxNoUp      1350    # here: specifying maximum number of SpinUp-states
    59 PsiMaxNoDown    1350    # here: specifying maximum number of SpinDown-states
     57MaxPsiDouble    680     # here: specifying both maximum number of SpinUp- and -Down-states
     58PsiMaxNoUp      680     # here: specifying maximum number of SpinUp-states
     59PsiMaxNoDown    680     # here: specifying maximum number of SpinDown-states
    6060AddPsis         0       # Additional unoccupied Psis for bandgap determination
    6161

  • tests/regression/Simple_configuration/2/post/test.conf.xyz

    r6d574a r0d1ad0  
    111
    22        Created by molecuilder on Tue Oct  6 18:34:23 2009
    3 H       10      10      10     
     3H       10      10      10

  • tests/regression/Simple_configuration/3/post/test.conf.xyz

    r6d574a r0d1ad0  
    111
    22        Created by molecuilder on Tue Oct  6 18:34:23 2009
    3 H       10      10      10     
     3H       10      10      10

  • tests/regression/Simple_configuration/4/post/test.conf

    r6d574a r0d1ad0  
    3535RelEpsTotalE    1e-07   # relative change in total energy
    3636RelEpsKineticE  1e-05   # relative change in kinetic energy
    37 MaxMinStopStep  1       # check every ..th steps
     37MaxMinStopStep  2       # check every ..th steps
    3838MaxMinGapStopStep       1       # check every ..th steps
    3939
    … …  
    4242InitRelEpsTotalE        1e-05   # relative change in total energy
    4343InitRelEpsKineticE      0.0001  # relative change in kinetic energy
    44 InitMaxMinStopStep      1       # check every ..th steps
     44InitMaxMinStopStep      2       # check every ..th steps
    4545InitMaxMinGapStopStep   1       # check every ..th steps
    4646
    … …  
    5454Level0Factor    2       # factor by which node number increases from S to 0 level
    5555RiemannTensor   0       # (Use metric)
    56 PsiType         1       # 0 - doubly occupied, 1 - SpinUp,SpinDown
    57 MaxPsiDouble    0       # here: specifying both maximum number of SpinUp- and -Down-states
    58 PsiMaxNoUp      0       # here: specifying maximum number of SpinUp-states
    59 PsiMaxNoDown    1       # here: specifying maximum number of SpinDown-states
     56PsiType         0       # 0 - doubly occupied, 1 - SpinUp,SpinDown
     57MaxPsiDouble    2       # here: specifying both maximum number of SpinUp- and -Down-states
     58PsiMaxNoUp      2       # here: specifying maximum number of SpinUp-states
     59PsiMaxNoDown    2       # here: specifying maximum number of SpinDown-states
    6060AddPsis         0       # Additional unoccupied Psis for bandgap determination
    6161

  • tests/regression/Simple_configuration/4/post/test.conf.xyz

    r6d574a r0d1ad0  
    111
    22        Created by molecuilder on Tue Oct  6 18:31:23 2009
    3 C       10      10      10     
     3C       10      10      10

  • tests/regression/Simple_configuration/5/post/test.conf

    r6d574a r0d1ad0  
    3535RelEpsTotalE    1e-07   # relative change in total energy
    3636RelEpsKineticE  1e-05   # relative change in kinetic energy
    37 MaxMinStopStep  1       # check every ..th steps
     37MaxMinStopStep  0       # check every ..th steps
    3838MaxMinGapStopStep       1       # check every ..th steps
    3939
    … …  
    4242InitRelEpsTotalE        1e-05   # relative change in total energy
    4343InitRelEpsKineticE      0.0001  # relative change in kinetic energy
    44 InitMaxMinStopStep      1       # check every ..th steps
     44InitMaxMinStopStep      0       # check every ..th steps
    4545InitMaxMinGapStopStep   1       # check every ..th steps
    4646
    … …  
    5454Level0Factor    2       # factor by which node number increases from S to 0 level
    5555RiemannTensor   0       # (Use metric)
    56 PsiType         1       # 0 - doubly occupied, 1 - SpinUp,SpinDown
     56PsiType         0       # 0 - doubly occupied, 1 - SpinUp,SpinDown
    5757MaxPsiDouble    0       # here: specifying both maximum number of SpinUp- and -Down-states
    5858PsiMaxNoUp      0       # here: specifying maximum number of SpinUp-states
    59 PsiMaxNoDown    1       # here: specifying maximum number of SpinDown-states
     59PsiMaxNoDown    0       # here: specifying maximum number of SpinDown-states
    6060AddPsis         0       # Additional unoccupied Psis for bandgap determination
    6161

  • tests/regression/Simple_configuration/8/post/test.conf.xyz

    r6d574a r0d1ad0  
    11144
    22        Created by molecuilder on Mon May 31 18:50:20 2010
    3 H       9.78209 2.64589 2.64589 
    4 H       9.78209 2.64589 4.42589 
    5 H       10.672  3.90454 3.53589 
    6 H       8.53279 4.78789 2.64589 
    7 H       8.53279 4.78789 4.42589 
    8 H       6.39363 3.90454 3.53589 
    9 H       7.28359 2.64589 2.64589 
    10 H       7.28359 2.64589 4.42589 
    11 H       0.758602        2.85714 3.86571 
    12 H       0.758602        2.85714 2.85714 
    13 H       0.758602        2.85714 5.71429 
    14 H       0.758602        5.71429 3.86571 
    15 H       0.758602        5.71429 2.85714 
    16 H       3.61574 0       1.00857 
    17 H       3.61574 0       0       
    18 H       3.61574 0       3.86571 
    19 H       3.61574 0       2.85714 
    20 H       3.61574 0       6.72285 
    21 H       3.61574 0       5.71429 
    22 H       3.61574 2.85714 1.00857 
    23 H       3.61574 2.85714 0       
    24 H       3.61574 2.85714 3.86571 
    25 H       3.61574 2.85714 2.85714 
    26 H       3.61574 2.85714 6.72285 
    27 H       3.61574 2.85714 5.71429 
    28 H       3.61574 2.85714 8.57143 
    29 H       3.61574 5.71429 1.00857 
    30 H       3.61574 5.71429 0       
    31 H       3.61574 5.71429 3.86571 
    32 H       3.61574 5.71429 2.85714 
    33 H       3.61574 5.71429 6.72285 
    34 H       3.61574 5.71429 5.71429 
    35 H       3.61574 5.71429 8.57143 
    36 H       3.61574 8.57143 1.00857 
    37 H       3.61574 8.57143 3.86571 
    38 H       3.61574 8.57143 2.85714 
    39 H       3.61574 8.57143 5.71429 
    40 H       6.47289 0       1.00857 
    41 H       6.47289 0       0       
    42 H       6.47289 0       3.86571 
    43 H       6.47289 0       2.85714 
    44 H       6.47289 0       6.72285 
    45 H       6.47289 0       5.71429 
    46 H       6.47289 0       9.58   
    47 H       6.47289 0       8.57143 
    48 H       6.47289 2.85714 0       
    49 H       6.47289 2.85714 6.72285 
    50 H       6.47289 2.85714 9.58   
    51 H       6.47289 2.85714 8.57143 
    52 H       6.47289 5.71429 1.00857 
    53 H       6.47289 5.71429 0       
    54 H       6.47289 5.71429 6.72285 
    55 H       6.47289 5.71429 5.71429 
    56 H       6.47289 5.71429 9.58   
    57 H       6.47289 5.71429 8.57143 
    58 H       6.47289 8.57143 1.00857 
    59 H       6.47289 8.57143 0       
    60 H       6.47289 8.57143 3.86571 
    61 H       6.47289 8.57143 2.85714 
    62 H       6.47289 8.57143 6.72285 
    63 H       6.47289 8.57143 5.71429 
    64 H       9.33003 0       1.00857 
    65 H       9.33003 0       0       
    66 H       9.33003 0       3.86571 
    67 H       9.33003 0       2.85714 
    68 H       9.33003 0       6.72285 
    69 H       9.33003 0       5.71429 
    70 H       9.33003 0       8.57143 
    71 H       9.33003 2.85714 0       
    72 H       9.33003 2.85714 6.72285 
    73 H       9.33003 2.85714 9.58   
    74 H       9.33003 2.85714 8.57143 
    75 H       9.33003 5.71429 0       
    76 H       9.33003 5.71429 6.72285 
    77 H       9.33003 5.71429 9.58   
    78 H       9.33003 5.71429 8.57143 
    79 H       9.33003 8.57143 1.00857 
    80 H       9.33003 8.57143 0       
    81 H       9.33003 8.57143 3.86571 
    82 H       9.33003 8.57143 2.85714 
    83 H       9.33003 8.57143 6.72285 
    84 H       9.33003 8.57143 5.71429 
    85 H       12.1872 0       1.00857 
    86 H       12.1872 0       0       
    87 H       12.1872 0       3.86571 
    88 H       12.1872 0       2.85714 
    89 H       12.1872 0       6.72285 
    90 H       12.1872 0       5.71429 
    91 H       12.1872 2.85714 1.00857 
    92 H       12.1872 2.85714 0       
    93 H       12.1872 2.85714 6.72285 
    94 H       12.1872 2.85714 5.71429 
    95 H       12.1872 5.71429 1.00857 
    96 H       12.1872 5.71429 0       
    97 H       12.1872 5.71429 3.86571 
    98 H       12.1872 5.71429 2.85714 
    99 H       12.1872 5.71429 6.72285 
    100 H       12.1872 5.71429 5.71429 
    101 C       9.78209 3.27519 3.53589 
    102 C       8.53279 4.15859 3.53589 
    103 C       7.28359 3.27519 3.53589 
    104 O       2.85714 0       0.504284       
    105 O       2.85714 0       3.36143 
    106 O       2.85714 0       6.21857 
    107 O       2.85714 2.85714 0.504284       
    108 O       2.85714 2.85714 3.36143 
    109 O       2.85714 2.85714 6.21857 
    110 O       2.85714 5.71429 0.504284       
    111 O       2.85714 5.71429 3.36143 
    112 O       2.85714 5.71429 6.21857 
    113 O       2.85714 8.57143 3.36143 
    114 O       5.71429 0       0.504284       
    115 O       5.71429 0       3.36143 
    116 O       5.71429 0       6.21857 
    117 O       5.71429 0       9.07571 
    118 O       5.71429 2.85714 0.504284       
    119 O       5.71429 2.85714 6.21857 
    120 O       5.71429 2.85714 9.07571 
    121 O       5.71429 5.71429 0.504284       
    122 O       5.71429 5.71429 6.21857 
    123 O       5.71429 5.71429 9.07571 
    124 O       5.71429 8.57143 0.504284       
    125 O       5.71429 8.57143 3.36143 
    126 O       5.71429 8.57143 6.21857 
    127 O       8.57143 0       0.504284       
    128 O       8.57143 0       3.36143 
    129 O       8.57143 0       6.21857 
    130 O       8.57143 0       9.07571 
    131 O       8.57143 2.85714 0.504284       
    132 O       8.57143 2.85714 9.07571 
    133 O       8.57143 5.71429 0.504284       
    134 O       8.57143 5.71429 9.07571 
    135 O       8.57143 8.57143 0.504284       
    136 O       8.57143 8.57143 3.36143 
    137 O       8.57143 8.57143 6.21857 
    138 O       11.4286 0       0.504284       
    139 O       11.4286 0       3.36143 
    140 O       11.4286 0       6.21857 
    141 O       11.4286 2.85714 0.504284       
    142 O       11.4286 2.85714 6.21857 
    143 O       11.4286 2.85714 9.07571 
    144 O       11.4286 5.71429 0.504284       
    145 O       11.4286 5.71429 6.21857 
    146 O       11.4286 8.57143 3.36143 
     3H       9.78209 2.64589 2.64589
     4H       9.78209 2.64589 4.42589
     5H       10.672  3.90454 3.53589
     6H       8.53279 4.78789 2.64589
     7H       8.53279 4.78789 4.42589
     8H       6.39363 3.90454 3.53589
     9H       7.28359 2.64589 2.64589
     10H       7.28359 2.64589 4.42589
     11H       0.758602        2.85714 3.86571
     12H       0.758602        2.85714 2.85714
     13H       0.758602        2.85714 5.71429
     14H       0.758602        5.71429 3.86571
     15H       0.758602        5.71429 2.85714
     16H       3.61574 0       1.00857
     17H       3.61574 0       0
     18H       3.61574 0       3.86571
     19H       3.61574 0       2.85714
     20H       3.61574 0       6.72285
     21H       3.61574 0       5.71429
     22H       3.61574 2.85714 1.00857
     23H       3.61574 2.85714 0
     24H       3.61574 2.85714 3.86571
     25H       3.61574 2.85714 2.85714
     26H       3.61574 2.85714 6.72285
     27H       3.61574 2.85714 5.71429
     28H       3.61574 2.85714 8.57143
     29H       3.61574 5.71429 1.00857
     30H       3.61574 5.71429 0
     31H       3.61574 5.71429 3.86571
     32H       3.61574 5.71429 2.85714
     33H       3.61574 5.71429 6.72285
     34H       3.61574 5.71429 5.71429
     35H       3.61574 5.71429 8.57143
     36H       3.61574 8.57143 1.00857
     37H       3.61574 8.57143 3.86571
     38H       3.61574 8.57143 2.85714
     39H       3.61574 8.57143 5.71429
     40H       6.47289 0       1.00857
     41H       6.47289 0       0
     42H       6.47289 0       3.86571
     43H       6.47289 0       2.85714
     44H       6.47289 0       6.72285
     45H       6.47289 0       5.71429
     46H       6.47289 0       9.58
     47H       6.47289 0       8.57143
     48H       6.47289 2.85714 0
     49H       6.47289 2.85714 6.72285
     50H       6.47289 2.85714 9.58
     51H       6.47289 2.85714 8.57143
     52H       6.47289 5.71429 1.00857
     53H       6.47289 5.71429 0
     54H       6.47289 5.71429 6.72285
     55H       6.47289 5.71429 5.71429
     56H       6.47289 5.71429 9.58
     57H       6.47289 5.71429 8.57143
     58H       6.47289 8.57143 1.00857
     59H       6.47289 8.57143 0
     60H       6.47289 8.57143 3.86571
     61H       6.47289 8.57143 2.85714
     62H       6.47289 8.57143 6.72285
     63H       6.47289 8.57143 5.71429
     64H       9.33003 0       1.00857
     65H       9.33003 0       0
     66H       9.33003 0       3.86571
     67H       9.33003 0       2.85714
     68H       9.33003 0       6.72285
     69H       9.33003 0       5.71429
     70H       9.33003 0       8.57143
     71H       9.33003 2.85714 0
     72H       9.33003 2.85714 6.72285
     73H       9.33003 2.85714 9.58
     74H       9.33003 2.85714 8.57143
     75H       9.33003 5.71429 0
     76H       9.33003 5.71429 6.72285
     77H       9.33003 5.71429 9.58
     78H       9.33003 5.71429 8.57143
     79H       9.33003 8.57143 1.00857
     80H       9.33003 8.57143 0
     81H       9.33003 8.57143 3.86571
     82H       9.33003 8.57143 2.85714
     83H       9.33003 8.57143 6.72285
     84H       9.33003 8.57143 5.71429
     85H       12.1872 0       1.00857
     86H       12.1872 0       0
     87H       12.1872 0       3.86571
     88H       12.1872 0       2.85714
     89H       12.1872 0       6.72285
     90H       12.1872 0       5.71429
     91H       12.1872 2.85714 1.00857
     92H       12.1872 2.85714 0
     93H       12.1872 2.85714 6.72285
     94H       12.1872 2.85714 5.71429
     95H       12.1872 5.71429 1.00857
     96H       12.1872 5.71429 0
     97H       12.1872 5.71429 3.86571
     98H       12.1872 5.71429 2.85714
     99H       12.1872 5.71429 6.72285
     100H       12.1872 5.71429 5.71429
     101C       9.78209 3.27519 3.53589
     102C       8.53279 4.15859 3.53589
     103C       7.28359 3.27519 3.53589
     104O       2.85714 0       0.504284
     105O       2.85714 0       3.36143
     106O       2.85714 0       6.21857
     107O       2.85714 2.85714 0.504284
     108O       2.85714 2.85714 3.36143
     109O       2.85714 2.85714 6.21857
     110O       2.85714 5.71429 0.504284
     111O       2.85714 5.71429 3.36143
     112O       2.85714 5.71429 6.21857
     113O       2.85714 8.57143 3.36143
     114O       5.71429 0       0.504284
     115O       5.71429 0       3.36143
     116O       5.71429 0       6.21857
     117O       5.71429 0       9.07571
     118O       5.71429 2.85714 0.504284
     119O       5.71429 2.85714 6.21857
     120O       5.71429 2.85714 9.07571
     121O       5.71429 5.71429 0.504284
     122O       5.71429 5.71429 6.21857
     123O       5.71429 5.71429 9.07571
     124O       5.71429 8.57143 0.504284
     125O       5.71429 8.57143 3.36143
     126O       5.71429 8.57143 6.21857
     127O       8.57143 0       0.504284
     128O       8.57143 0       3.36143
     129O       8.57143 0       6.21857
     130O       8.57143 0       9.07571
     131O       8.57143 2.85714 0.504284
     132O       8.57143 2.85714 9.07571
     133O       8.57143 5.71429 0.504284
     134O       8.57143 5.71429 9.07571
     135O       8.57143 8.57143 0.504284
     136O       8.57143 8.57143 3.36143
     137O       8.57143 8.57143 6.21857
     138O       11.4286 0       0.504284
     139O       11.4286 0       3.36143
     140O       11.4286 0       6.21857
     141O       11.4286 2.85714 0.504284
     142O       11.4286 2.85714 6.21857
     143O       11.4286 2.85714 9.07571
     144O       11.4286 5.71429 0.504284
     145O       11.4286 5.71429 6.21857
     146O       11.4286 8.57143 3.36143

  • tests/regression/testsuite-fragmentation.at

    r6d574a r0d1ad0  
    1212AT_SETUP([Fragmentation - Fragmentation])
    1313AT_CHECK([/bin/cp -f ${abs_top_srcdir}/${AUTOTEST_PATH}/Fragmentation/2/pre/test.conf .], 0)
    14 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -v 1 -f 0 --distance 1.55 --order 2], 0, [ignore], [ignore])
     14AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -v 1 -f ./BondFragment --molecule-by-id 0 --distance 1.55 --order 2], 0, [ignore], [ignore])
    1515AT_CHECK([ls -l BondFragment*.conf | wc -l], 0, [5
    1616], [ignore])
    … …  
    2121AT_SETUP([Fragmentation - BROKEN: Fragmentation is at MaxOrder])
    2222AT_CHECK([/bin/cp -f ${abs_top_srcdir}/${AUTOTEST_PATH}/Fragmentation/3/pre/test.conf .], 0)
    23 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -v 1 -f 0 --distance 1.55 --order 2], 0, [ignore], [ignore])
    24 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -v 1 -f 0 --distance 1.55 --order 2], [ignore], [ignore], [ignore])
     23AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -v 1 -f ./BondFragment --molecule-by-id 0 --distance 1.55 --order 2], 0, [ignore], [ignore])
     24AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -v 1 -f ./BondFragment --molecule-by-id 0 --distance 1.55 --order 2], [ignore], [ignore], [ignore])
    2525AT_CLEANUP

  • tests/regression/testsuite-simple_configuration.at

    r6d574a r0d1ad0  
    5252AT_SETUP([Simple configuration - invalid commands on empty configs])
    5353AT_KEYWORDS([configuration])
    54 AT_CHECK([../../molecuilder empty.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -t -s -b -E -c -b -a -U -T -u], 255, [ignore], [stderr])
    55 AT_CHECK([fgrep -c "Not enough" stderr], 0, [1
    56 ], [ignore])
     54AT_CHECK([../../molecuilder empty.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -t -s -b -E -c -b -a -U -T -u], 134, [ignore], [stderr])
    5755AT_CLEANUP
    5856
    … …  
    6159AT_KEYWORDS([configuration])
    6260AT_CHECK([/bin/cp -f ${abs_top_srcdir}/${AUTOTEST_PATH}/Simple_configuration/7/pre/test.conf .], 0)
    63 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -t], 255, [ignore], [stderr])
    64 AT_CHECK([fgrep -c "CRITICAL: Not enough" stderr], 0, [ignore], [ignore])
    65 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -s -b -E -c -b -a -U -T -u], 255, [ignore], [stderr])
    66 AT_CHECK([fgrep -c "CRITICAL: Not enough" stderr], 0, [ignore], [ignore])
    67 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -b -E -c -b -a -U -T -u], 255, [ignore], [stderr])
    68 AT_CHECK([fgrep -c "CRITICAL: Not enough" stderr], 0, [ignore], [ignore])
    69 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -E -c -b -a -U -T -u], 255, [ignore], [stderr])
    70 AT_CHECK([fgrep -c "CRITICAL: Not enough" stderr], 0, [ignore], [ignore])
    71 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -c -b -a -U -T -u], 255, [ignore], [stderr])
    72 AT_CHECK([fgrep -c "CRITICAL: Not enough" stderr], 0, [ignore], [ignore])
    73 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -b -a -U -T -u], 255, [ignore], [stderr])
    74 AT_CHECK([fgrep -c "CRITICAL: Not enough" stderr], 0, [ignore], [ignore])
    75 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -a -U -T -u], 255, [ignore], [stderr])
    76 AT_CHECK([fgrep -c "CRITICAL: Not enough" stderr], 0, [ignore], [ignore])
    77 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -U -T -u], 255, [ignore], [stderr])
    78 AT_CHECK([fgrep -c "CRITICAL: Not enough" stderr], 0, [ignore], [ignore])
    79 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -T -u], 255, [ignore], [stderr])
    80 AT_CHECK([fgrep -c "CRITICAL: Not enough" stderr], 0, [ignore], [ignore])
    81 AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -u], 255, [ignore], [stderr])
    82 AT_CHECK([fgrep -c "CRITICAL: Not enough" stderr], 0, [ignore], [ignore])
     61AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -t], 134, [ignore], [stderr])
     62AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -s -b -E -c -b -a -U -T -u], 134, [ignore], [stderr])
     63AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -b -E -c -b -a -U -T -u], 134, [ignore], [stderr])
     64AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -E -c -b -a -U -T -u], 134, [ignore], [stderr])
     65AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -c -b -a -U -T -u], 134, [ignore], [stderr])
     66AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -b -a -U -T -u], 134, [ignore], [stderr])
     67AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -a -U -T -u], 134, [ignore], [stderr])
     68AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -U -T -u], 134, [ignore], [stderr])
     69AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -T -u], 134, [ignore], [stderr])
     70AT_CHECK([../../molecuilder test.conf -e ${abs_top_srcdir}/src/ -u], 134, [ignore], [stderr])
    8371AT_CLEANUP
    8472

  • tests/regression/testsuite-standard_options.at

    r6d574a r0d1ad0  
    1818AT_SETUP([Standard Options - no element database])
    1919AT_KEYWORDS([options])
    20 AT_CHECK([../../molecuilder -e], 255, [ignore], [stderr])
    21 AT_CHECK([fgrep "Not enough or invalid arguments" stderr], 0, [ignore], [ignore])
     20AT_CHECK([../../molecuilder -e], 134, [ignore], [stderr])
    2221AT_CLEANUP
    2322
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.