| [bcf653] | 1 | /*
 | 
|---|
 | 2 |  * Project: MoleCuilder
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 | 3 |  * Description: creates and alters molecular systems
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|---|
| [0aa122] | 4 |  * Copyright (C)  2010-2012 University of Bonn. All rights reserved.
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|---|
| [bcf653] | 5 |  * Please see the LICENSE file or "Copyright notice" in builder.cpp for details.
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 | 6 |  */
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 | 7 | 
 | 
|---|
| [1c51c8] | 8 | /*
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|---|
 | 9 |  * MoleculeDescriptor.cpp
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|---|
 | 10 |  *
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|---|
 | 11 |  *  Created on: Feb 5, 2010
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|---|
 | 12 |  *      Author: crueger
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|---|
 | 13 |  */
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|---|
 | 14 | 
 | 
|---|
| [bf3817] | 15 | // include config.h
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|---|
 | 16 | #ifdef HAVE_CONFIG_H
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|---|
 | 17 | #include <config.h>
 | 
|---|
 | 18 | #endif
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|---|
 | 19 | 
 | 
|---|
| [ad011c] | 20 | #include "CodePatterns/MemDebug.hpp"
 | 
|---|
| [112b09] | 21 | 
 | 
|---|
| [1c51c8] | 22 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor.hpp"
 | 
|---|
 | 23 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor_impl.hpp"
 | 
|---|
 | 24 | 
 | 
|---|
 | 25 | #include "World.hpp"
 | 
|---|
| [02ce36] | 26 | #include "CodePatterns/Observer/ObservedContainer_impl.hpp"
 | 
|---|
| [1c51c8] | 27 | 
 | 
|---|
 | 28 | #include "molecule.hpp"
 | 
|---|
 | 29 | 
 | 
|---|
 | 30 | #include <boost/bind.hpp>
 | 
|---|
 | 31 | #include <iostream>
 | 
|---|
 | 32 | 
 | 
|---|
 | 33 | using namespace std;
 | 
|---|
 | 34 | 
 | 
|---|
| [51be2a] | 35 | typedef World::MoleculeSet::internal_iterator molecules_iter_t;
 | 
|---|
| [1c51c8] | 36 | 
 | 
|---|
 | 37 | /************************ Forwarding object **************************************/
 | 
|---|
 | 38 | 
 | 
|---|
 | 39 | 
 | 
|---|
 | 40 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(impl_ptr _impl) :
 | 
|---|
 | 41 |     impl(_impl)
 | 
|---|
 | 42 | {}
 | 
|---|
 | 43 | 
 | 
|---|
 | 44 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(const MoleculeDescriptor& src) :
 | 
|---|
 | 45 |     impl(src.get_impl())
 | 
|---|
 | 46 | {}
 | 
|---|
 | 47 | 
 | 
|---|
 | 48 | MoleculeDescriptor::~MoleculeDescriptor()
 | 
|---|
 | 49 | {}
 | 
|---|
 | 50 | 
 | 
|---|
 | 51 | MoleculeDescriptor& MoleculeDescriptor::operator=(MoleculeDescriptor &src){
 | 
|---|
 | 52 |   if(&src!=this) {
 | 
|---|
 | 53 |     impl=src.get_impl();
 | 
|---|
 | 54 |   }
 | 
|---|
 | 55 |   return *this;
 | 
|---|
 | 56 | }
 | 
|---|
 | 57 | 
 | 
|---|
 | 58 | molecule* MoleculeDescriptor::find(){
 | 
|---|
 | 59 |   return impl->find();
 | 
|---|
 | 60 | }
 | 
|---|
 | 61 | 
 | 
|---|
 | 62 | std::vector<molecule*> MoleculeDescriptor::findAll(){
 | 
|---|
 | 63 |   return impl->findAll();
 | 
|---|
 | 64 | }
 | 
|---|
 | 65 | 
 | 
|---|
 | 66 | MoleculeDescriptor::impl_ptr MoleculeDescriptor::get_impl() const{
 | 
|---|
 | 67 |   return impl;
 | 
|---|
 | 68 | }
 | 
|---|
 | 69 | 
 | 
|---|
 | 70 | 
 | 
|---|
 | 71 | 
 | 
|---|
 | 72 | 
 | 
|---|
 | 73 | /**************************** implementation ********************/
 | 
|---|
 | 74 | 
 | 
|---|
 | 75 | MoleculeDescriptor_impl::MoleculeDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 76 | {
 | 
|---|
 | 77 | }
 | 
|---|
 | 78 | 
 | 
|---|
 | 79 | MoleculeDescriptor_impl::~MoleculeDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 80 | {
 | 
|---|
 | 81 | }
 | 
|---|
 | 82 | 
 | 
|---|
 | 83 | World::MoleculeSet& MoleculeDescriptor_impl::getMolecules(){
 | 
|---|
| [23b547] | 84 |   return World::getInstance().molecules;
 | 
|---|
| [1c51c8] | 85 | }
 | 
|---|
 | 86 | 
 | 
|---|
 | 87 | molecule* MoleculeDescriptor_impl::find() {
 | 
|---|
| [a1e0b6] | 88 |   World::MoleculeSet &molecules = getMolecules();
 | 
|---|
| [51be2a] | 89 |   molecules_iter_t res = find_if(molecules.begin_internal(),molecules.end_internal(),boost::bind(&MoleculeDescriptor_impl::predicate,this,_1));
 | 
|---|
 | 90 |   return (res!=molecules.end_internal())?((*res).second):0;
 | 
|---|
| [1c51c8] | 91 | }
 | 
|---|
 | 92 | 
 | 
|---|
 | 93 | vector<molecule*> MoleculeDescriptor_impl::findAll() {
 | 
|---|
 | 94 |   vector<molecule*> res;
 | 
|---|
| [a1e0b6] | 95 |   World::MoleculeSet &molecules = getMolecules();
 | 
|---|
| [8cce2b] | 96 |   for_each(molecules.begin_internal(),
 | 
|---|
 | 97 |            molecules.end_internal(),
 | 
|---|
 | 98 |            boost::bind(&MoleculeDescriptor_impl::checkAndAdd,
 | 
|---|
 | 99 |                        this,&res,_1));
 | 
|---|
| [1c51c8] | 100 |   return res;
 | 
|---|
 | 101 | }
 | 
|---|
 | 102 | 
 | 
|---|
| [8cce2b] | 103 | void MoleculeDescriptor_impl::checkAndAdd(std::vector<molecule*> *v,std::pair<moleculeId_t,molecule*> p){
 | 
|---|
 | 104 |   if(predicate(p)){
 | 
|---|
 | 105 |     v->push_back(p.second);
 | 
|---|
 | 106 |   }
 | 
|---|
 | 107 | }
 | 
|---|
 | 108 | 
 | 
|---|
| [1c51c8] | 109 | /************************** Universe and Emptyset *****************/
 | 
|---|
 | 110 | 
 | 
|---|
 | 111 | MoleculeAllDescriptor_impl::MoleculeAllDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 112 | {}
 | 
|---|
 | 113 | 
 | 
|---|
 | 114 | MoleculeAllDescriptor_impl::~MoleculeAllDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 115 | {}
 | 
|---|
 | 116 | 
 | 
|---|
 | 117 | bool MoleculeAllDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){
 | 
|---|
 | 118 |   return true;
 | 
|---|
 | 119 | }
 | 
|---|
 | 120 | 
 | 
|---|
 | 121 | MoleculeDescriptor AllMolecules(){
 | 
|---|
 | 122 |   return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAllDescriptor_impl));
 | 
|---|
 | 123 | }
 | 
|---|
 | 124 | 
 | 
|---|
 | 125 | MoleculeNoneDescriptor_impl::MoleculeNoneDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 126 | {}
 | 
|---|
 | 127 | 
 | 
|---|
 | 128 | MoleculeNoneDescriptor_impl::~MoleculeNoneDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 129 | {}
 | 
|---|
 | 130 | 
 | 
|---|
 | 131 | bool MoleculeNoneDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){
 | 
|---|
 | 132 |   return false;
 | 
|---|
 | 133 | }
 | 
|---|
 | 134 | 
 | 
|---|
 | 135 | MoleculeDescriptor NoMolecules(){
 | 
|---|
 | 136 |   return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNoneDescriptor_impl));
 | 
|---|
 | 137 | }
 | 
|---|
 | 138 | 
 | 
|---|
 | 139 | /************************** Operator stuff ************************/
 | 
|---|
 | 140 | 
 | 
|---|
 | 141 | // AND
 | 
|---|
 | 142 | MoleculeAndDescriptor_impl::MoleculeAndDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs, MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) :
 | 
|---|
 | 143 |     lhs(_lhs), rhs(_rhs)
 | 
|---|
 | 144 | {}
 | 
|---|
 | 145 | 
 | 
|---|
 | 146 | MoleculeAndDescriptor_impl::~MoleculeAndDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 147 | {}
 | 
|---|
 | 148 | 
 | 
|---|
 | 149 | bool MoleculeAndDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
 | 
|---|
 | 150 |   return lhs->predicate(molecule) && rhs->predicate(molecule);
 | 
|---|
 | 151 | }
 | 
|---|
 | 152 | MoleculeDescriptor operator&&(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){
 | 
|---|
 | 153 |   MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAndDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl()));
 | 
|---|
 | 154 |   return MoleculeDescriptor(newImpl);
 | 
|---|
 | 155 | }
 | 
|---|
 | 156 | 
 | 
|---|
 | 157 | // OR
 | 
|---|
 | 158 | MoleculeOrDescriptor_impl::MoleculeOrDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs ,MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) :
 | 
|---|
 | 159 |     lhs(_lhs), rhs(_rhs)
 | 
|---|
 | 160 | {}
 | 
|---|
 | 161 | 
 | 
|---|
 | 162 | MoleculeOrDescriptor_impl::~MoleculeOrDescriptor_impl(){
 | 
|---|
 | 163 | }
 | 
|---|
 | 164 | 
 | 
|---|
 | 165 | bool MoleculeOrDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
 | 
|---|
 | 166 |   return lhs->predicate(molecule) || rhs->predicate(molecule);
 | 
|---|
 | 167 | }
 | 
|---|
 | 168 | 
 | 
|---|
 | 169 | MoleculeDescriptor  operator||(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){
 | 
|---|
 | 170 |   MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeOrDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl()));
 | 
|---|
 | 171 |   return MoleculeDescriptor(newImpl);
 | 
|---|
 | 172 | }
 | 
|---|
 | 173 | 
 | 
|---|
 | 174 | // NOT
 | 
|---|
 | 175 | 
 | 
|---|
 | 176 | MoleculeNotDescriptor_impl::MoleculeNotDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _arg) :
 | 
|---|
 | 177 |     arg(_arg)
 | 
|---|
 | 178 | {}
 | 
|---|
 | 179 | 
 | 
|---|
 | 180 | 
 | 
|---|
 | 181 | MoleculeNotDescriptor_impl::~MoleculeNotDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 182 | {
 | 
|---|
 | 183 | }
 | 
|---|
 | 184 | 
 | 
|---|
 | 185 | bool MoleculeNotDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
 | 
|---|
 | 186 |  return !(arg->predicate(molecule));
 | 
|---|
 | 187 | }
 | 
|---|
 | 188 | 
 | 
|---|
 | 189 | MoleculeDescriptor operator!(const MoleculeDescriptor &arg){
 | 
|---|
 | 190 |   MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNotDescriptor_impl(arg.get_impl()));
 | 
|---|
 | 191 |   return MoleculeDescriptor(newImpl);
 | 
|---|
 | 192 | }
 | 
|---|